土地を売却し、売却益が発生すると複数の種類の税金を支払わなければならない場合があります。税率・税額は所有期間や費用の有無によって変わるため、いくら税金がかかるのかを事前に把握するのは容易ではありません。
取得費が不明な場合や控除が使えるかどうかで、最終的な税額が数十万円以上変わるケースも考えられます。
この記事では、土地売却で発生する税金の種類や譲渡所得の計算方法、利用できる特例制度を整理し、金額の目安をシミュレーション付きで分かりやすく解説します。
売却後に想定外の税負担が発生しないよう、事前に知っておくべきポイントを確認しましょう。
この記事で分かること
- 土地売却時にかかる税金
- 土地売却時にかかる税金の計算方法/li>
- 土地売却時にかかる税金の控除・特例制度/li>
- 土地売却時にかかる税金のシミュレーション例/li>
- 土地売却時の税金に関する売却経験者の声/li>
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もくじ
土地売却にかかる税金は主に4種類
土地売却時に考慮すべき税金として、主に以下の3つが挙げられます。
- 印紙税
- 登録免許税
- 譲渡所得税（所得税・住民税）
それぞれ課されるタイミングや仕組みが異なるため、まずは税金の種類ごとに特徴を押さえておくことが大切です。
印紙税
印紙税とは、契約書や受取書などの文書に課される税金です。
土地売買では、売買契約書に収入印紙を貼り付けて消印することで納付します。印紙税は契約金額によって税額が変わるため、土地価格が高いほど必要な印紙代も大きくなる点が特徴です。
不動産売買契約書にかかる印紙税は、2027年3月31日までは軽減税率が適用され、よく利用する金額帯の目安は以下のとおりです。
| 契約金額 | 本則税率 | 軽減税率 |
|---|---|---|
| 100万円超え500万円以下 | 2千円 | 1千円 |
| 500万円超え1,000万円以下 | 1万円 | 5千円 |
| 1,000万円超え5,000万円以下 | 2万円 | 1万円 |
| 5,000万円超え1億円以下 | 6万円 | 3万円 |
| 1億円を超え5億円以下のもの | 10万円 | 6万円 |
※参考：国税庁 不動産売買契約書の印紙税の軽減措置より作成
一般的に契約書は売主・買主それぞれ1通ずつ作成するため、双方の契約書に印紙を貼る必要があります。
印紙税の支払い時期
印紙税は、売買契約書を作成する時点で支払う税金です。
契約書に収入印紙を貼り付け、文書と印紙の両方に消印することで納付が完了します。収入印紙は郵便局やコンビニでも購入できるため、準備は比較的簡単です。
また、不動産売買契約書に関しては2027年3月31日まで軽減税率が適用されており、通常よりも印紙代を抑えることができます。売主・買主のどちらが負担するかは、慣例や契約内容によって異なるため、事前に確認しておくと安心です。
登録免許税
登録免許税は登記手続きに課される税金で、土地売却時は主に抵当権抹消登記に対して発生します。抵当権は住宅ローンを組む際に金融機関が設定する担保権を指し、売却時にはこれを外すための登記が必要です。
抵当権抹消登記の登録免許税は以下のとおりです。
- 土地1筆につき：1,000円
- 建物1棟につき：1,000円
土地が2筆分ある場合は、2,000円かかることになります。抵当権抹消登記は司法書士へ依頼することがほとんどで、その際の司法書士報酬は1〜3万円程度が相場です。
※参考：報酬アンケート結果（2024年（令和6年）3月実施｜日本司法書士連合会
登録免許税の支払い時期
登録免許税は、売却の決済当日に司法書士へ支払うのが一般的です。決済当日、司法書士が買主への所有権移転登記とあわせて抵当権抹消登記も行うため、登録免許税・司法書士報酬の双方をその場で精算します。
抵当権があると買主へ所有権を移すことができないため、登録免許税は決済日に必ず必要になる費用といえます。登記簿を事前に確認し、抵当権が残っているかどうかを判断することが重要です。
譲渡所得税（所得税・住民税）
譲渡所得税とは、土地を売却して得た利益（＝譲渡所得）に対して課される税金です。給与所得などとは異なり、譲渡所得税は他の所得と合算せずに計算する分離課税となる点が特徴です。
譲渡所得は、以下の式で求められます。
● 譲渡所得 ＝ 譲渡価格（売却金額）−（取得費 + 譲渡費用）− 特別控除
● 譲渡所得税＝譲渡所得 × 税率
また、以下のとおり所有期間によって税率が変わります。
| 譲渡所得の種類 | 所得税率 | 住民税率 | 合計税率 |
|---|---|---|---|
| 短期譲渡所得(所有期間5年以下の場合) | 30.63% | 9% | 39.63% |
| 長期譲渡所得（所有期間5年超の場合） | 15.315% | 5% | 20.315% |
※参考：No.1440 譲渡所得(土地や建物を譲渡したとき)｜国税庁
利益が出た場合にのみ課税されるため、購入時より安く売却した場合は課税されません。
譲渡所得税の支払い時期
譲渡所得税の納税時期は、土地を売却した翌年です。
所得税は翌年の2月16日〜3月15日に行う確定申告で納付し、住民税は翌年6月以降に自治体から送付される納付書により支払います。住民税は一括・分割のどちらでも納付可能です。
売却年と納税時期が異なるため、手取り額の見込みを立てる際は翌年の税負担もあらかじめ想定しておくと良いでしょう。
土地売却における譲渡所得税の計算方法
土地売却で大きな税負担となりやすいのが、譲渡所得税です。
譲渡所得税は、一定のステップに沿って計算できるため、取得費や控除を整理すれば誰でも概算のシミュレーションが可能です。
ここでは、土地売却にかかる税金のおおまかな計算方法を紹介します。
- STEP1.取得費・譲渡費用を算出する
- STEP2.譲渡所得を算出する
- STEP3.譲渡所得税を算出する
STEP1.取得費・譲渡費用を算出する
譲渡所得税の計算は、まず取得費と譲渡費用を整理するところから始まります。
取得費とは土地を取得した際に支払った金額のことで、購入代金のほか仲介手数料・不動産取得税・登録免許税など、購入時にかかった費用が含まれます。
建物がある場合は、建物部分は減価償却により価値が減少するとみなされ、以下のとおり計算します。
建物取得費 ＝ 建物購入価格 − 減価償却費
なお、減価償却費は以下の式で求めることができます。
減価償却費 ＝ 建物購入価格 × 0.9 × 償却率 × 経過年数
※償却率：木造0.031％、鉄筋コンクリート造0.015％
一方、取得費が不明な相続土地などは、概算取得費（売却価格×5％） で計算することが出来ます。
例：売却価格2,000万円は取得費が100万円
譲渡費用とは売却のために必要とした費用で、仲介手数料・印紙税・解体費などが該当します。
※参考1：No.3252 取得費となるもの｜国税庁 ※参考2：No.3261 建物の取得費の計算｜国税庁 ※参考3：No.3255 譲渡費用となるもの｜国税庁
STEP2.譲渡所得を算出する
取得費と譲渡費用が整理できたら、次は譲渡所得を計算します。 譲渡所得は、基本的に以下の式で算出します。
譲渡所得 ＝ 売却価格 −（取得費＋譲渡費用）− 特別控除
特別控除には、代表的なものとして「居住用財産の3,000万円特別控除」や「空き家特例」などがあります。これらの控除は、適用条件を満たすことで大幅に課税所得を減らすことができる制度です。
たとえば、売却価格2,000万円、取得費200万円、譲渡費用100万円で、「居住用財産の3,000万円特別控除」が適用できる場合、譲渡所得は以下のようになります。
2,000万円−（200万円＋100万円）−3,000万円＝▲1,300万円なので課税なし
譲渡所得がマイナスの場合は税金が発生しません。
STEP3.譲渡所得税を算出する
譲渡所得がプラスの場合、その金額に税率を掛けて「譲渡所得税」を計算します。税率は土地の所有期間によって異なり、売却した年の1月1日時点で5年以下か／超えているかで判定します。
- 短期譲渡（5年以下）：税率39.63％（所得税30％＋住民税9％＋復興特別所得税0.63％）
- 長期譲渡（5年超）：税率20.315％（所得税15％＋住民税5％＋復興特別所得税0.315％）
たとえば、譲渡所得が400万円で長期譲渡のケースでは、400万円×約20％＝約80万円が譲渡所得税となります。
譲渡所得が0円以下の場合は、申告義務もありません。しかし、前述したような特別控除などの適用を受ける場合には確定申告を行う必要があります。
土地売却にかかる税金の控除・特例制度
土地売却では、条件を満たすことで税負担を大きく減らすことができる特例が用意されています。適用条件を把握し、譲渡所得の計算時に正しく活用すれば、手取り額を大きく増やすことができる可能性があります。
以下で代表的な控除・特例制度を解説していきます。
- 居住用財産の3,000万円特別控除
- 取得費加算の特例
- 10年超所有軽減税率の特例
- 被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例
居住用財産の3,000万円特別控除
居住用財産の3,000万円特別控除とは、自宅（居住用財産）を売却した際に譲渡所得から最大3,000万円まで差し引くことができる制度です。
基本的には土地単体では適用することができませんが、家屋を取り壊した日から1年以内の売却であるなど、条件を満たした場合は控除を受けることが出来ます。この制度を適用することができた場合、譲渡所得が3,000万円未満であれば税金は発生しません。
主な適用条件の例としては、次のようなものが挙げられます。
•売却する物件が居住用財産に該当していること
•売却した年の前々年までに特定の特例を利用していないこと
•居住しなくなってから3年を経過する年の12月31日までに売却していることーなど
※参考：No.3302 マイホームを売ったときの特例｜国税庁
取得費加算の特例
取得費加算の特例は、相続した土地・建物を売却する際に利用できる制度で、相続税の一部を取得費に上乗せして計算できる仕組みです。
相続税を支払っている場合は通常の取得費に相続税分が加算されるため、譲渡所得が小さくなり、結果として譲渡所得税も軽減されます。
取得費加算の特例を利用するための主な要件は、以下のとおりです。
•相続または遺贈によって取得していること
•相続税の申告・納税をしていること
•相続開始日の翌日から 3年10か月以内 に売却（譲渡）していることーなど
上記の通り、取得費加算の特例は適用できる期間に制限があるため、利用する場合、遺産分割協議を速やかに行う必要があります。
※参考：No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例｜国税庁
10年超所有軽減税率の特例
10年超所有軽減税率の特例は、長年所有してきた自宅（居住用財産）を売却した場合に、長期譲渡所得よりもさらに低い税率が適用される制度です。適用されると譲渡所得の一部について14.21％という優遇税率が適用されます。
特例を利用するための主な要件は、以下のとおりです。
•売却した物件が、自宅（居住用財産）であること
•親族や配偶者など、特別な関係にある相手へ売却していないこと
•売却した年の前々年までの期間に、関連する特例を利用していないこと
•所有期間が、売却年の1月1日時点で10年を超えていること ーなど
また、10年超所有軽減税率の特例は3,000万円特別控除と併用できるため、譲渡所得がある程度残るケースでも税負担を大きく抑えられます。
※参考：No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例｜国税庁
なお、軽減税率の特例は、先述した居住用財産の3,000万円の特例とも併用できます。より詳細な適用条件については、国税庁のホームページで確認してください。
被相続人の居住用財産（空き家）を売ったときの特例
いわゆる空き家特例は、相続した実家を売却するときに最大3,000万円の特別控除を受けられる制度です。被相続人が一人暮らしで住んでいた家を相続し、一定の条件を満たして売却する場合に適用されます。
主な条件は以下のとおりです。
•相続または遺贈によって相続人が取得した家屋であること
•相続開始時点で被相続人が単身で居住していたこと
•建物が昭和56年5月31日以前に建築されたものであること
•区分所有建物登記をされていないこと
•相続後、耐震改修を行うか、旧耐震基準の家を取り壊して更地で売却すること
•相続後から売却までの間、居住や賃貸などに利用されていないこと
•相続開始から3年を経過する年の12月31日までに売却すること
•売却価格が1億円以下であること ーなど
実家をそのまま空き家として放置しておくと固定資産税の負担が大きくなるため、この特例を使って早めに売却したい人にメリットがあります。譲渡所得から最大3,000万円を控除できるため、税負担を大きく軽減できる制度です。
※参考：No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例｜国税庁
土地売却にかかる税金を実際にシミュレーション
土地売却で実際にどれくらい税金がかかるのかは、所有期間や取得費の有無、控除の適用状況で大きく変わります。
ここでは、条件を設定して以下のケース別に発生する税金の概算をシミュレーションしているので、自分の状況に近いパターンを確認してみてください。
- •500万円の土地を売却した場合
- •1,500万円の土地を売却した場合
- •2,000万円の土地を売却した場合
- •取得費が不明な場合
500万円の土地を売却した場合
実際に、以下の条件で計算してみましょう。
•売却価格：500万円
•取得費：25万円
•譲渡費用：20万円
•所有期間：4年
•税率：39.63％
まず、譲渡所得を計算します。
譲渡所得＝500万円−（25万円＋20万円）＝455万円
次に税率を掛けます。
譲渡所得税＝455万円×39.63％＝約180万3,165円
短期譲渡所得は税率が非常に高く、売却益が出ている場合は税負担が大きくなりやすい点が特徴です。
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1,500万円の土地を売却した場合
実際に、以下の条件で計算してみましょう。
•売却価格：1,500万円
•取得費：150万円
•譲渡費用：40万円
•所有期間：7年
•税率：20.315％
まず、譲渡所得を算出します。
譲渡所得＝1,500万円−（150万円＋40万円）＝1,310万円
次に税率を掛けます。
譲渡所得税＝1,310万円×20.315％＝約266万1,265円
長期譲渡は短期と比べて税率が半分程度となり、負担が軽くなります。
2,000万円の土地を売却した場合
実際に、以下の条件で計算してみましょう。
•売却価格：2,000万円
•取得費：200万円
•譲渡費用：60万円
•所有期間：8年
•税率：20.315％
まずは譲渡所得を計算します。
譲渡所得＝2,000万円−（200万円＋60万円）＝1,740万円
次に税率を掛けます。
譲渡所得税＝1,740万円×20.315％＝約353万4,810円
ただし、このケースにおいてマイホーム（居住用財産）であり、3,000万円特別控除が適用できる場合は、譲渡所得が「1,740万円−3,000万円」でマイナスとなるため、支払う税金は0円となります。
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取得費が不明な場合
取得費が分からない場合は、概算として「売却価格×5％」を利用します。 ここでは、以下の条件で試算します。
•売却価格：1,500万円
•取得費：不明→概算取得費75万円（1,500万円×5％）
•譲渡費用：40万円
•所有期間：8年
•税率：20.315％
まずは譲渡所得を計算します。
譲渡所得＝1,500万円−（75万円＋40万円）＝1,385万円
長期譲渡所得税率20.315％を適用すると、譲渡所得税は以下のとおりです。
譲渡所得税＝1,385万円×20.315％＝約281万3,627円
なお、居住用財産で条件を満たす場合に限り、3,000万円特別控除が使える場合、「1,385万円−3,000万円」でマイナスになるため、課税されません。
取得費不明でも、特例の適用があれば税金が0円になるケースも多くなっています。
土地売却の税金に関する売却経験者の声
土地売却では、税金に関する不安や疑問を抱える人が非常に多いことが分かります。
LIFULL HOME’Sが売却経験者約3,000人へ行ったアンケートでも、税金の知識や担当者からの説明不足が悩みとして多く挙げられています。
•70代男性（滋賀県守山市の土地を売却）
１．不動産売却に関わる法令 ２．不動産売却に関わる税金と節税３．家屋解体前の残された動産整理・処理
参考:住まいの売却データファイル・売却体験談
•50代女性（鳥取県 西伯郡南部町の土地を売却）
なるべく多くの仲介業者に裁定を依頼すること。担当者が信頼できるか。手数料や、税金などについても分かりやすい説明をしてくれるか。手続き中にも、密に経過報告があるか、など。
参考:住まいの売却データファイル・売却体験談
•50代女性（札幌市豊平区の土地の売却）
税金がどれくらいかかるのか不安だった
参考:住まいの売却データファイル・売却体験談
多くの人が税金に戸惑うからこそ、事前の理解と専門家への相談が重要だといえるでしょう。
土地売却にかかる税金は控除・特例を賢く活用しよう
土地売却では、高額な税金が発生する場合があります。売却価格だけを見て判断してしまうと、実際に手元に残る金額が想定より大幅に少ないケースも珍しくありません。
印紙税・登録免許税・譲渡所得税の仕組みを理解し、取得費や控除を正しく計算することで、実際の手取り額を把握できます。
また、3,000万円特別控除や取得費加算の特例など、条件次第で税負担を大きく減らすことができる可能性がある制度もあります。この記事で税金の全体像を把握したあとは、複数の不動産会社から査定を取り、より良い条件で売却できる体制を整えましょう。
ホームズの一括査定なら、全国4,700社以上（2026年1月時点）の不動産会社を一度に比較でき、各社の実績・特徴・担当者の情報などを確認できます。
初回公開日：2023年7月31日
記事監修
橘 慶太（たちばな けいた）
円満相続税理士法人代表。「最高の相続税対策は、円満な家族関係を構築すること」をモットーに活動を行い、これまで手がけた相続税申告は500件以上、相談実績は5,000人以上に及ぶ。2018年にはYouTubeにて「円満相続ちゃんねる」を開設し、2026年1月時点のチャンネル登録者数は21万人超。著書に『ぶっちゃけ相続』などがある。
HP:円満相続税理士法人
Youtube:【円満相続ちゃんねる】税理士橘慶太
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