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倉庫を売却する流れとは?必要書類や費用・税金も徹底解説

倉庫の売却は用途や立地、建物の状態によって需要が大きく変わります。そのため、方法を誤ると売却期間の長期化や、相場より低い価格で成約するリスクが高くなります。

また、解体費用や測量費用、税金などのコストがかかる場合もあり、全体像を把握しないまま進めると想定より手取り額が少なくなることもあります。倉庫は住宅に比べて取引事例が限られ、価格の妥当性を判断しにくい点にも注意が必要です。

この記事では、倉庫売却の流れや必要書類、費用・税金の基礎知識に加え、早く・高く売却するためのコツを分かりやすく解説します。

もくじ

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【重要】倉庫を売却する前に確認すべきこと

倉庫の売却は、住宅とは異なり用途や需要、売却方法によって結果が大きく変わります。事前にポイントを整理しておくことで、売却価格やスピードに差が出るため、必ず確認しておきましょう。

  • 「住宅地へ転用できるか」の確認
  • 「不動産売却」か「M&A」かの選択
  • 「建物のまま」か「更地」かの選択
  • 「仲介」か「買取」かの選択

「住宅地へ転用できるか」の確認

倉庫を売却する際は、その土地が住宅地として転用できるかを必ず確認しておきましょう。用途地域や建ぺい率・容積率によっては、住宅用地としての需要が見込まれるため、売却価格が大きく上がる可能性があります。

たとえば、東京23区では売り倉庫としての需要に加え、住宅用地としてのニーズも高く、転用可能な物件は買主の幅が広がります。一方で、工業専用地域などでは住宅建築ができず、倉庫用途に限定されるため、買主が絞られる点に注意が必要です。

項目 転用できる場合 転用できない場合
需要高い限定的
売却価格上がりやすい相場に依存
買主個人・不動産会社事業者・投資家

特に、売り倉庫付き住宅として活用できるケースは希少性があり、価格面で有利になることもあります。

「不動産売却」か「M&A」かの選択

倉庫の売却方法には、不動産として売却する方法と、事業ごと売却するM&Aがあります。多くの場合は不動産売却が選ばれますが、事業を伴う場合はM&Aも選択肢の1つです。たとえば、稼働中の物流拠点や収益がある倉庫であれば、M&Aによって事業価値も含めて売却できる可能性があります。

項目 不動産売却 M&A
対象土地・建物事業+資産
手続き比較的シンプル複雑
買主個人・法人法人

一方、事業を伴わない倉庫は、一般的な不動産と同様に中古物件として市場に流通するケースが多く、不動産売却として進めるのが基本です。なお、M&Aは通常の不動産査定や売却フローとは異なるため、あくまで選択肢の1つとして考えておくことをおすすめします。

「建物のまま」か「更地」かの選択

倉庫を売却する際には、建物を残すか、更地にして売るかも重要な判断ポイントです。建物の状態や立地によって適した方法が異なります。

前提として、用途地域や接道状況によって住宅用地として利用できないケースでは土地としての活用が難しいため、倉庫として現況のまま売却するのが基本です。一方、住宅用地として利用できる土地であれば、更地にすることで買主の選択肢が広がり、売却しやすくなる可能性があります。

項目 建物あり 更地
初期費用不要解体費用が必要
売却しやすさ状況に左右される安定しやすい
買主個人・法人幅広い

格安の倉庫物件として売るか、土地として売るかを見極めることが重要です。

「仲介」か「買取」かの選択

倉庫の売却方法には、不動産会社に買主を探してもらう「仲介」と、不動産会社に直接売却する「買取」の2つがあります。どちらを選ぶかによって、売却価格やスピードが大きく変わるため、目的に応じて選択することが重要です。

仲介は、市場に物件を公開して広く買主を募集する方法です。条件があえば投資家や事業者など幅広い層にアプローチできるため、高値で売却できる可能性があります。たとえば、都内の小規模な倉庫であれば比較的手頃な価格帯の物件として検討されやすく、ガレージ用途や事業用としてのニーズを取り込めるケースもあります。

一方、買取は不動産会社が直接物件を購入する方法で、買主を探す必要がないため短期間で売却できます。すぐに現金化したい場合や、老朽化した倉庫・立地条件に制約がある場合など、一般市場で売れにくいケースでも対応しやすいのが特徴です。

項目 仲介 買取
売却価格高値売却を狙いやすい市場相場の6〜8割
スピード3ヶ月〜6ヶ月1週間〜1ヶ月
買主市場不動産会社

時間に余裕がある場合は仲介、早く現金化したい場合は買取を選ぶとよいでしょう。

倉庫を売却する一般的な流れ

ここでは、倉庫を売却する一般的な流れを紹介します。

  • STEP1. 所有物件の査定を依頼する
  • STEP2. 不動産会社と媒介契約を結ぶ
  • STEP3. 売却活動を開始する
  • STEP4. 買主と売買契約を締結する
  • STEP5. 決済・引き渡しを行う

STEP1. 所有物件の査定を依頼する

倉庫を売却するときは、まず不動産会社に査定を依頼し、現在の相場や売れる可能性のある価格帯を把握します。査定には物件情報をもとに概算を出す机上査定と、現地を確認してより詳細に評価する訪問査定があります。

倉庫は住宅と異なり、立地だけでなく建物の状態や天井高、搬入経路、前面道路の広さなどでも評価が変わります。そのため、単に中古の倉庫として扱うのではなく、事業用不動産として適切に評価できる不動産会社へ依頼することが重要です。

また、エリアによって需要の傾向も異なります。たとえば、東京23区では事業用・投資用としてのニーズが見込まれやすく、埼玉などではガレージ用途や小規模事業向けとして活用されるケースもあります。このような需要特性を踏まえた査定を受けるためにも、複数の不動産会社に依頼して比較検討することが大切です。

STEP2. 不動産会社と媒介契約を結ぶ

査定結果を確認して依頼先を決めたら、不動産会社と媒介契約を結びます。媒介契約とは、売却活動を正式に依頼するための契約で、一般媒介・専任媒介・専属専任媒介の3種類があります。

契約の種類 複数社依頼 レインズ登録 報告義務
一般媒介任意なし
専任媒介不可7日以内2週間に1回以上
専属専任媒介不可5日以内1週間に1回以上

複数社へ同時に依頼したい場合は一般媒介、1社に集中的に任せたい場合は専任媒介や専属専任媒介が向いています。倉庫は一般住宅より買主が限られることもあるため、どのような需要層に向けて売るかを不動産会社とすりあわせておくことが大切です。

STEP3. 売却活動を開始する

媒介契約を結んだ後は、不動産会社が売却活動を開始します。主な方法は、不動産ポータルサイトへの掲載、既存顧客への紹介、業者間ネットワークを使った情報共有などです。

倉庫は立地や用途によって需要が大きく異なるため、物件にあった訴求が重要になります。たとえば、都内の小規模な倉庫であれば投資用や事業用として比較的購入しやすい価格帯を意識した訴求が有効です。車両保管や趣味スペースとして活用できる倉庫であれば、ガレージ用途としての魅力を打ち出すことでターゲットを広げられる可能性があります。

単に倉庫として売り出すのではなく、どのように使えるかを具体的に伝えることが購入検討者からの反響を得るためのポイントです。販売開始後も任せきりにせず、問合せ状況や内覧の反応を確認しながら、価格や見せ方を柔軟に見直していきましょう。

STEP4. 買主と売買契約を締結する

買主が見つかった場合、まず買付申込書を受取り、価格や引き渡し時期、手付金の額などの条件を確認します。条件に合意できれば、売買契約へ進みます。

倉庫の売買では、建物の状態や境界、設備の有無などが確認事項になりやすいため、契約前に不明点を整理しておくことが重要です。契約当日は、売買契約書の内容を確認したうえで署名・押印し、一般的には買主から手付金を受取ります。手付金の目安は売買代金の5〜10%程度です。

特に、中古の倉庫を売る場合は住宅以上に設備や利用条件が重視されるため、事前説明を丁寧に行いましょう。

STEP5. 決済・引き渡しを行う

売買契約を締結した後は、契約で定めた日に決済と引き渡しを行います。一般的には、買主から残代金を受取り、同日に所有権移転登記の手続きを進め、鍵や関係書類を引き渡して完了となります。抵当権が設定されている場合、あわせて抹消手続きも必要です。

倉庫内に荷物や設備が残っていると引き渡しに支障が出るため、契約前から撤去や整理の準備を進めておくことが大切です。特に、売り倉庫付き住宅やガレージ用途で検討される物件では、買主が引き渡し後すぐ使える状態にしておくと印象が良くなります。

また、売却益が出た場合は後日確定申告が必要になるため、引き渡しで終わりではなく、売却後の税務手続きまで見据えて進めましょう。

倉庫を売却するときの必要書類

倉庫を売却するときは、本人確認書類だけでなく、土地や建物の権利関係・境界・建築状況を確認できる書類も必要になります。特に、倉庫は住宅よりも用途や建物の適法性、搬入経路、土地の利用条件などを重視されやすいため、書類不足があると売却活動や契約手続きがスムーズに進まないことがあります。

以下の表を参考に、手元にあるかどうかを事前に確認しておきましょう。

書類名 主な入手先・保管場所
身分証明書本人が保有
住民票市区町村の役所で取得
印鑑証明書・実印市区町村の役所で取得
固定資産税評価証明書市区町村の役所で取得
公図法務局で取得
登記事項証明書(登記簿謄本)法務局で取得
測量図・境界確認書手元保管または土地家屋調査士に依頼
登記識別情報通知書・権利証不動産購入時に交付(手元保管)
確認申請書・確認済証・検査済証手元保管または自治体で確認可能
固定資産税納税通知書毎年4〜6月頃に自治体から送付

書類のなかには、不動産会社が取得をサポートしてくれるものもあります。たとえば、登記事項証明書(登記簿謄本)や公図・測量図などは、不動産会社や司法書士に依頼して取得できるケースがあります。一方、印鑑証明書や住民票、登記識別情報(権利証)などは、売主自身で用意する必要があります。

特に権利証は再発行ができないため、紛失している場合は事前に不動産会社へ相談しておくことが重要です。

倉庫を売却するときにかかる費用・税金

倉庫を売却する際は、解体費や測量費などの実費に加え、仲介手数料や税金も発生します。事前に費用の全体像を把握しておくことで、想定外の出費を防ぎ、資金計画を立てやすくなります。

  • 解体費用(更地にする場合)
  • 測量費用(必要な場合)
  • 仲介手数料
  • 印紙税
  • 登録免許税
  • 譲渡所得税

解体費用(更地にする場合)

倉庫を更地にして売却する場合は、解体費用が発生します。一般的な相場は、木造で2〜3万円/坪、鉄骨造で4〜5万円/坪程度ですが、建物の規模や立地条件によっては数百万円〜2,000万円程度かかるケースもあります。

特に倉庫は構造や面積によって費用差が大きく、アスベストの有無や重機の搬入条件などによっても金額が変動します。そのため、事前に解体業者へ見積もりを依頼し、想定外の費用が発生しないよう確認しておくことが重要です。

なお、解体費用は売主が負担するのが一般的ですが、条件次第で売買価格に反映させたり、買主と分担したりできるケースもあります。売却条件とあわせて慎重に判断しましょう。

測量費用(必要な場合)

土地の境界が不明確な場合や、買主から求められた場合は測量費用が発生します。測量費用の相場は一般的に30〜70万円程度ですが、土地面積が大きい場合や隣地所有者との境界確認が難しい場合、公図と現況にズレがある場合などは、100万円を超えることもあります。

また、測量費用は売主が負担するのか、売買価格に反映させるのかなど、条件面で調整されることもあります。事前に不動産会社へ相談し、どのタイミングで実施するかも含めて検討しておきましょう。境界が明確になっている土地は買主の安心感が高まるため、結果としてスムーズな売却につながる可能性があります。

仲介手数料

不動産会社に仲介を依頼して売却する場合は、成功報酬として仲介手数料が発生します。仲介手数料は売却価格に応じて上限が定められており、一般的には「(売却価格×3%+6万円)+消費税」で計算されます。たとえば、5,000万円で売却した場合は約170万円前後が目安となります。

売却価格 仲介手数料の上限(速算式)
200万円以下売却価格×5%+消費税
200万円超〜400万円以下売却価格×4%+2万円+消費税
400万円超売却価格×3%+6万円+消費税

※参考:<消費者の皆様向け>不動産取引に関するお知らせ|国土交通省

倉庫は用途や立地によって幅広い買主を探す必要があるため、仲介で売却するケースが多く、その分仲介手数料も発生します。一方、不動産会社が直接買い取る買取の場合は、仲介手数料がかからないケースもあるため、事前に費用の有無を確認しておくことが重要です。

印紙税

印紙税とは、不動産売買契約書などの文書に課される税金で、契約書に収入印紙を貼付して消印することで納付します。税額は契約金額に応じて決まり、売却価格が高くなるほど印紙税も高くなる仕組みです。

不動産売買契約書にかかる印紙税は、2027年3月31日までは軽減税率が適用されており、以下のような金額帯の目安になっています。

契約金額 本則税率 軽減税率
100万円超え〜500万円以下2千円1千円
500万円超え〜1,000万円以下1万円5千円
1,000万円超え〜5,000万円以下2万円1万円
5,000万円超え〜1億円以下6万円3万円
1億円超え〜5億円以下10万円6万円

※参考:不動産売買契約書の印紙税の軽減措置|国税庁

契約書は売主・買主それぞれが保管するため、通常は双方がそれぞれの契約書に印紙を貼付します。倉庫は売却価格の幅が広いため、想定している売却価格帯に応じた印紙税の目安を把握しておきましょう。

登録免許税

登録免許税とは、不動産の所有権移転登記や抵当権抹消登記の際に発生する税金です。倉庫を売却する場合は買主へ所有権を移転する手続きや、住宅ローンなどで設定されている抵当権を外す手続きで必要になります。

抵当権抹消登記費用は「不動産1件あたり1,000円」が基本で、土地や建物の数に応じて加算されます。たとえば、土地が2筆に分かれている場合の費用は2,000円です。

また、登記手続きは専門性が高いため、一般的には司法書士へ依頼して進めます。その際、登録免許税とは別に1万〜5万円程度の報酬が発生するのが一般的で、抵当権抹消登記のみであれば2万円前後が目安となります(日本司法書士連合会「報酬アンケート結果(2024年3月実施)」)。倉庫売却では、金融機関の借入が残っているケースもあるため、抵当権抹消の有無を事前に確認しておきましょう。

譲渡所得税

倉庫を売却して利益(譲渡所得)が出た場合は、その金額に応じて譲渡所得税が課税されます。譲渡所得税は売却価格そのものではなく、必要経費などを差し引いた利益に対してかかる税金です。

① 譲渡所得 = 売却価格 − 取得費 − 譲渡費用 − 特別控除

② 譲渡所得税 = 譲渡所得 × 税率

取得費には購入時の費用が含まれますが、建物部分は減価償却により価値が下がるため、その分を差し引いた金額で計算されます。また、譲渡費用には仲介手数料や印紙税など、売却にかかった費用が含まれます。税率は、以下の表のように所有期間によって異なり、長期保有のほうが税負担は小さくなります。

譲渡所得の種類 所得税率 住民税率 合計税率
短期譲渡所得(所有期間5年以下)30.63%9%39.63%
長期譲渡所得(所有期間5年超)15.315%5%20.315%

※参考1:No.3252 取得費となるもの|国税庁
※参考2:No.3255 譲渡費用となるもの|国税庁
※参考3:No.1440 譲渡所得(土地や建物を譲渡したとき)|国税庁

なお、売却価格が取得費と譲渡費用の合計を下回る場合は、課税されないケースもあります。一方、利益が大きい場合は納税額も高額になる可能性があるため、事前に税理士などの専門家へ相談し、手取り額を把握しておくことが重要です。

倉庫を早く・高く売却するコツ

倉庫をできるだけ有利な条件で売却するには、事前準備と進め方が重要です。ポイントを押さえることで、売却スピードと価格の両方に良い影響を与えられるでしょう。ここでは、倉庫を早く・高く売却するコツを見ていきましょう。

  • 余裕のあるスケジュールを立てる
  • 自分でも価格相場を調べておく
  • 倉庫の売却に強みのある不動産会社に依頼する
  • 複数社の査定結果を比較検討する

余裕のあるスケジュールを立てる

倉庫を早く・高く売るためには、余裕のあるスケジュールを立てることが重要です。短期間で売却しようとすると価格交渉で不利になりやすく、相場より安く売却してしまう可能性があります。

東日本不動産流通機構の調査(首都圏不動産流通市場の動向・2025年)によると、2025年度の首都圏における中古一戸建ての平均売却期間は約101日(3ヶ月以上)となっています。住宅であっても売却には時間がかかることを踏まえると、用途が限定されやすい倉庫は、さらに時間がかかる傾向があるといえるでしょう。実際、立地や条件によっては半年以上かかるケースも珍しくありません。

また、倉庫はガレージ用途や事業利用など、活用方法によって需要が大きく変わります。そのため、タイミングや見せ方によって反響に差が出やすいのも特徴です。焦って価格を下げるのではなく、市場の反応を見ながら販売を続けましょう。

自分でも価格相場を調べておく

倉庫を売却する際は、不動産会社の査定だけに頼るのではなく、自分でも価格相場を把握しておくことが重要です。事前に相場を知っておくことで、提示された査定価格が適正かどうか判断しやすくなり、不当に安い価格で売却してしまうリスクを防げます。

相場を調べる方法として、以下が挙げられます。

ただし、倉庫は一戸建てや土地に比べて取引事例が少なく、相場が分かりにくい特徴があります。複数の情報を参考にしながら相場感をつかみ、不動産会社の査定結果と照らしあわせて判断することが大切です。

倉庫の売却に強みのある不動産会社に依頼する

倉庫を売却する際は、住宅ではなく倉庫や事業用不動産の取扱いに強い不動産会社へ依頼することが重要です。倉庫は用途や設備、立地条件によって評価が大きく変わるうえ、購入を検討する層も限られるため、一般的な住宅売却とは異なるノウハウが求められます。

倉庫に強い不動産会社であれば、事業用として利用したい企業や投資家とのネットワークを持っており、より適切な買主にアプローチできるのが強みです。地場の不動産会社だけではなく、広いネットワークを活用できる会社に依頼することで、買主の幅が広がり、売却の可能性も高まります。

また、倉庫は建物の状態や過去の用途、搬入経路なども重要な判断材料になるため、こうしたポイントを理解したうえで適切に訴求できるかどうかも重要です。売却活動は長期間に及ぶこともあるため、担当者の対応力や説明の丁寧さも見極めておきましょう。

複数社の査定結果を比較検討する

倉庫の査定価格は不動産会社によって差が出やすいため、複数社に査定を依頼して比較することが重要です。1社だけに任せてしまうと、その会社の査定基準や販売方針に左右され、相場より低い価格で売却してしまう可能性があります。

また、契約を獲得するために相場より高めの査定価格を提示されるケースもあり、そのまま売り出すと買主が見つからず、結果的に値下げを繰り返すことになりかねません。複数社の査定を比較することで価格の妥当性だけでなく、販売戦略やターゲットの設定、担当者の提案力なども見極めやすくなります。

特に倉庫はエリアや用途によって需要が大きく異なるため、それぞれの不動産会社がどのような買主を想定しているかを確認することが重要です。効率よく比較するには、一括査定サービスの活用がおすすめです。

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倉庫の売却は実績のある複数社を比較検討することが重要

倉庫の売却を成功させるためには、売却前の判断から手続き、費用や税金の把握までを1つひとつ整理して進めることが重要です。特に、建物のまま売るか更地にするか、仲介か買取かといった選択によって、売却価格や期間は大きく変わります。

また、倉庫は用途や立地によって需要が異なるため、不動産会社の提案力や販売戦略によって結果に差が出やすい点にも注意が必要です。早く・高く売却するためには、複数社の査定結果や販売方針を比較したうえで判断することが欠かせません。

効率よく比較検討を進めるには、ホームズの倉庫査定をぜひご利用ください。複数の不動産会社にまとめて依頼できるため、それぞれの査定価格や提案を比較しながら、納得のいく売却を目指すことができます。

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記事執筆・監修

新川 優香(あらかわ ゆうか)

大学卒業後、不動産仲介業務に従事し売買を経験。現在は不動産賃貸の事務職に従事。不動産売買仲介から賃貸仲介、物件管理に関わる執筆経験もあり。宅地建物取引士、賃貸不動産経営管理士、FP2級の資格を保有。